認定ＮＰＯ法人は、組織運営の面でも公益性の高い団体であることが審査されます。

具体的には、「役員構成」と「経理業務の適正」について、以下の事柄の報告が求められます。

• 役員の総数のうち、「役員及びその親族等」「特定の法人の役員又は使用人である者及びこれらのものの親族等」の割合が３分の１以下であること
• 会計について公認会計士若しくは監査法人の監査を受けているか、青色申告法人と同等に取引を記録し、帳簿を保存していること
• 不適正な経理を行っていないこと

申請時には、「認定要件チェック表（第3表）」上で、組織運営及び経理の適正についてのチェック項目を記載します。あわせて役員の状況（第3表付表1）、帳簿組織の状況（第3表付表2）　の添付が求められます。